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『MGS3』のシステムや操作性を『MGSPW』準拠にリメイクした作品。
蛇柄仕様のニンテンドー3DS同梱版も限定販売された。
メタルギアシリーズが任天堂携帯機で発売されたのはGBのゴーストバベル以来である。
据え置き機ではファミコンでメタルギア（FC）が、ゲームキューブではMGS1のリメイクであるザ・ツインスネークスが発売されている。またメタルギア『ソリッド』シリーズとしては本作が初の任天堂携帯機作品。
立体視は勿論、グラフィックも色鮮やかに作り直してあり、ジャイロセンサーの機能を使った不安定な足場でのバランス調整、下画面にマップや体力ケージ、敵兵の警戒状態の表示、サバイバルビュアーを集約、タッチでの装備の着脱、写真や画像で迷彩服を作れる『フォトカムフラージュ』など3DSならではの機能が搭載されている。

メタルギアソリッド3 スネークイーター[無印・サブシスタンス・3D]

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Xbox One

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ゲームキューブ

スーパーファミコン

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