バトルトード

飛龍の拳 奥義の書

ポケットザウルス 十王剣の謎

悪魔くん 魔界の罠

スケート2

SDガンダムワールド ガチャポン戦士3 英雄戦記

ケルナグール

魍魎戦記MADARA

ロックマン7 宿命の対決!

モンスタータクティクス

スーパーロボット大戦A PORTABLE

サンダーフォースV[無印・パーフェクトシステム]

不思議のダンジョン 風来のシレンGB 月影村の怪物

ファイアーエムブレム外伝

迷宮組曲 ミロンの大冒険

スターオーシャン

beatmaniaIIDX12 HAPPY SKY ☆

ドカポン3・2・1 〜嵐を呼ぶ友情〜

ダウンタウン熱血行進曲 それゆけ大運動会[無印・どこでも大運動会]

真・女神転生II

ロックマンゼロ3

スーパーマリオコレクション

バイオハザード(リメイク)[無印・HDリマスター]

ロックマンX

ポケモンカードGB

英雄伝説 空の軌跡FC[無印・改]

スーパーロボット大戦W

リンダキューブ アゲイン[無印・完全版]

『MGS3』のシステムや操作性を『MGSPW』準拠にリメイクした作品。
蛇柄仕様のニンテンドー3DS同梱版も限定販売された。
メタルギアシリーズが任天堂携帯機で発売されたのはGBのゴーストバベル以来である。
据え置き機ではファミコンでメタルギア（FC）が、ゲームキューブではMGS1のリメイクであるザ・ツインスネークスが発売されている。またメタルギア『ソリッド』シリーズとしては本作が初の任天堂携帯機作品。
立体視は勿論、グラフィックも色鮮やかに作り直してあり、ジャイロセンサーの機能を使った不安定な足場でのバランス調整、下画面にマップや体力ケージ、敵兵の警戒状態の表示、サバイバルビュアーを集約、タッチでの装備の着脱、写真や画像で迷彩服を作れる『フォトカムフラージュ』など3DSならではの機能が搭載されている。

メタルギアソリッド3 スネークイーター[無印・サブシスタンス・3D]

グランディア