バトルトード

飛龍の拳 奥義の書

ポケットザウルス 十王剣の謎

悪魔くん 魔界の罠

スケート2

SDガンダムワールド ガチャポン戦士3 英雄戦記

ケルナグール

魍魎戦記MADARA

AKIBA'S TRIP PLUS

ロックマン7 宿命の対決!

モンスタータクティクス

スーパーロボット大戦A PORTABLE

サンダーフォースV

不思議のダンジョン 風来のシレンGB 月影村の怪物

ファイアーエムブレム外伝

迷宮組曲 ミロンの大冒険

スターオーシャン

beatmaniaIIDX12 HAPPY SKY ☆

ドカポン3・2・1 〜嵐を呼ぶ友情〜

ダウンタウン熱血行進曲 それゆけ大運動会[無印・どこでも大運動会]

真・女神転生II

ロックマンゼロ3

スーパーマリオコレクション

バイオハザード(リメイク)[無印・HDリマスター]

ロックマンX

ポケモンカードGB

英雄伝説 空の軌跡FC[無印・改]

スーパーロボット大戦W

リンダキューブ アゲイン[無印・完全版]

『MGS3』のシステムや操作性を『MGSPW』準拠にリメイクした作品。
蛇柄仕様のニンテンドー3DS同梱版も限定販売された。
メタルギアシリーズが任天堂携帯機で発売されたのはGBのゴーストバベル以来である。
据え置き機ではファミコンでメタルギア（FC）が、ゲームキューブではMGS1のリメイクであるザ・ツインスネークスが発売されている。またメタルギア『ソリッド』シリーズとしては本作が初の任天堂携帯機作品。
立体視は勿論、グラフィックも色鮮やかに作り直してあり、ジャイロセンサーの機能を使った不安定な足場でのバランス調整、下画面にマップや体力ケージ、敵兵の警戒状態の表示、サバイバルビュアーを集約、タッチでの装備の着脱、写真や画像で迷彩服を作れる『フォトカムフラージュ』など3DSならではの機能が搭載されている。

メタルギアソリッド3 スネークイーター[無印・サブシスタンス・3D]

グランディア