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移植

難易度「ヒーローモード」の追加

ノーマルでさえライトゲーマーには難しかったことを受け、『NINJA GAIDEN 3』から搭載された「ヒーローモード」が追加。ピンチ時にオートガード、オート回避、忍術使い放題という初心者でも親しみ易い難易度となっている。
しかし発動には時間制限があり、無敵状態の内に回復を済ませなければ直ぐに死んでしまう*20為、ゲーム性を壊してしまうほどの低難易度ではない。実際、「ヒーローモード」であっても敵はそれなりに強く、ボタン連打で無双するようなことは出来ない。
ミッションの追加

ミッションモードは「忍の道」という名前に変わり、新たなミッションを追加して収録。
いわゆるシチュエーションバトルの種類が増えた。クリアごとに挑める難易度が増えていく。オールクリアのトロフィー取得は大変厳しい。
コスチューム、装飾品の追加

リュウはコスチュームと装飾品が、レイチェルにはコスチュームと髪型、メガネが追加された。これらは難易度ごとにストーリーを進めるか、ミッションを一定数クリアするごとに入手できる。PS3版ではクリア後のアイテム引き継ぎはなかったが、今作の装飾品は「新しくニューゲームを始める以前に本編かミッションで取得したもの」を引き続き使える。
攻撃力、防御力の増加など、高難易度攻略に役立つものが多い。加えて新コスチューム(リュウは『NINJA GAIDEN 3』の衣装)にも能力UPの恩恵があるため、入手難易度は高いものの獲得するとゲームを有利に進められる。